こんにちは
条件や希望する動作をもう少し詳しく具体的に書くようにしてください。
隣接した GeoPDF のデータを、まとめて1つの GeoTIFF にしたいのでしょうか?
それとも、 GeoPDF をそれぞれ GeoTIFF に変換したいが、数が多いので一括で
出来る方法を聞きたいのでしょうか?(バッチ処理)
GeoPDF も QGIS/GDAL で扱うことができるラスタ形式の一形式ですので、
GeoPDF だからといって特別配慮する必要はありません。
前者であれば、 QGIS のラスタメニューから「結合 (gdal_merge)」でできるかと
思います。
後者であれば、 QGIS ではなくコマンドプロンプト( OSGeo4W Shell )から
繰り返し gdal_translate を使った形式変換をすればよいと思います。
繰り返し処理などについては、別途お調べください。