こんにちは
確認してみたところ explorer コマンドは、指定したフォルダが存在すればフォルダを
エクスプローラで開く。指定したファイルがあれば規定のプログラムでファイルを開く。
指定したパスが存在しなければマイドキュメントフォルダをエクスプローラで開くという
動作をするようです。
なので、このような挙動は指定したファイルが存在しないためだと思われます。
存在するはずのファイルが存在しないということは、相対パスの基点となっている
フォルダが意図しているものとは違うということだと思います。
本来の相対パスとは異なりますが、プロジェクトファイルのあるフォルダパス変数を
利用した絶対パスを作成してはいかがでしょうか?
パス内に空白文字などが含まれる可能性があるため前後を引用符でくくっています。
explorer "[% @project_folder %]\[% Relative %]"