こんにちは
(1)
まず凡例として、シンボロジの設定時に凡例はテキスト入力で変更できます。
数が少なければ直接対応したほうが早い場合があります。
(2)
レイヤパネルではなくレイアウトにおける凡例であれば、 QGIS 式を使うことが
可能です。レイアウトの凡例のアイテムプロパティ内の凡例アイテムより
対象としたいレイヤを選択し、「ε」ボタンをクリックします。
単なる数値であれば以下のように入力します。
format_number(to_int(@symbol_label), 0)
もし、凡例が「 1000 - 2000 」のような形式だと、凡例ラベルの分割等が必要となり
すんなりと変換することは難しいと思います。(できないことはないでしょうが)
(3)
「設定」→「オプション」→「一般情報」の欄を表示し、「システムロケールの上書き」に
チェックを入れ、「数字の3桁区切り記号を表示」にもチェックを入れてください。
その後 QGIS を再起動してみてください。
属性テーブル等も含め、全体的に3桁区切りになるため、好みにより調整することは困難です。