fukuoka様
わざわざ試してくださり、ありがとうございます。
別のPC(Win7 64bit QGIS2.14.9)でも発生したので、CRSやオンザフライONOFFを変えながら何度か試しました。
(フィールド計算機の左下に出るプレビューの値で判断しました)
プロジェクトCRSが何であろうと、オンザフライがオンの状態で$areaを求めると値が狂うようでした。
作業中は常時オンザフライONであるため、面積を求めるたびにONOFFの作業が増えることと、
切り替えを忘れてしまうリスクを鑑みて、
今後$areaは使わずにジオメトリカラムの出力追加を使おうと思います。
「QGIS 面積 オンザフライ」などで検索しましたが、この件について書かれた記事は
ほとんど見当たらず、書かれていても不確かな感じの書き方で驚きました。
オンザフライも面積を求めるのも、どちらもとてもメジャーで重要な機能だと思うので、
この2つの条件が揃ったときにバグが発生するのは、かなり大きな問題だと思うのですが…
2台のPCとは言ってもOSと2.14系が同じなので、OSやバージョンの絡みで発生する問題だといいなあ、などと思う次第です。