こんにちは
プロジェクトファイルは、各レイヤファイルへのパスを保存しています。
パスはデフォルト設定では、相対参照になっているはずです。
そこでプロジェクトファイルやレイヤファイルを移動して、相対参照のパスと一致しなくなったということが考えられます。
これを防ぐには、1つのフォルダ内にプロジェクトファイルやレイヤファイルを保存すると良いと思います。
また相対参照ですから、レイヤファイルはフォルダ内にさらにレイヤ保存用のフォルダを作成して、そこに入れても良いと思います。
要は、プロジェクトファイルとの位置関係を維持するように、ファイルを保存するということです。
そして、もう1つ原因が思い浮かびます。
差分ファイルを作成するときに、「一時レイヤを作成」という設定にしたということです。
「一時レイヤ」ですので、ファイルは作成されません。
「一時レイヤを作成」という設定で作成したレイヤを後にも使いたい場合は、レイヤの上で右クリックして「エクスポート - 地物の保存」でファイルを保存するようにしてください。
おそらく上記2つのうち、どちらかが原因だと思います。