現時点では、個々のレイヤ(データソース)の CRS は従来の仕様のままで、
マップキャンバスとしての地図の座標に関して、 axis order の仕様変更が
なされた感じですね。
平面直角座標系に関しては N, E 順と明文化されておりますので、
GIS の慣例として E, N 順で保存することは、本来の平面直角座標系の規定から
外れた取り扱いをしていることは、意識しておく必要があるかと思います。
(オープンデータの CSV などでは、与えられた座標の X/Y がどちら向きか
常に確認する必要はあります。)
それはそれとして、今まで作成されたデータソースは基本的に E, N 順で
保存されていますので、それらの過去の資産や、 GDAL や ArcGIS などの
他の GIS ツールとの互換性のことを考えると、レイヤ(データソース)を
本来の axis order に仕様変更することはないと個人的には思います。
あるとしたら、 E, N 順を標準値として、レイヤプロパティで選択できる
オプションが追加される可能性はあるかもしれません。
妄想ですが。
その場合、 N, E 順として設定するケースでは、当然データソースとしても
N, E 順に保存されているので、保存されているジオメトリのデータ順に沿って
$x などの値が計算されることになるのではないでしょうか。