> 浸水想定区域データ(関東地方整備局)のシェープファイルが河川ごとに作成されているため、1つにまとめたいです。
という事ですが、河川ごとのshapeファイルの対応範囲に重複があり、
重複する場所で、shapeごとに別のレベル
同じ役場がABC川ではレベル2、DEF川ではレベル3
という場合があります。
その場合、単純にレイヤを結合すると、レベルの高い方がうもれて、レベルが低い様に見えるレイヤとなってしまいます。
解決策として、レベル(ランク)ごとにレイヤをわけ、同じランクのレイヤだけを結合し、
各ランクのレイヤが問題ない、となった上で、すべてのランクのレイヤを結合する、という手順が必要になります。