実は同じ疑問を持っていました。
調べましたが、その辺の情報があまりなかったです。
但し、1つヒントを見つけました。QGIS 3.2では、座標系を選択すると、座標系の範囲がダイアログの一番下に赤い塗りつぶしで示してくれます。また、その左側に座標系範囲の情報が表示されます。それぞれ比較してみると範囲の違い分かる。例えば、EPSG:4612は沖縄諸島も含まれているの対し、EPSG:6696には含まれていません。それの違いかなと思います。ただ、EPSG:4946とEPSG:4354の範囲情報は全く一緒だったので、違いが正直分かりません。普段使う分、JGD2000はEPSG:4612、JGD2011はEPSG:6668にすれば間違いないと思います。他の方もし詳細情報があれば共有していただければと思います。
EPSG:4612
Extent: 122.38, 17.09, 157.65, 46.05
Proj4: +proj=longlat +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +no_defs
EPSG:6696
Extent: 129.30, 30.94, 145.87, 45.54
Proj4: +proj=longlat +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +vunits=m +no_defs
EPSG:4946
Extent: 122.38, 17.09, 157.65, 46.05
Proj4: +proj=geocent +ellps=GRS80 +units=m +no_defs
EPSG:4354
Extent: 122.38, 17.09, 157.65, 46.05
Proj4: +proj=geocent +ellps=GRS80 +units=m +no_defs