nakamura 様
とりあえず2つほどの方法が思い浮かびます。
1つ目は、さきほどの空間演算ツールを使う方法です。ちょっと手数は増えます。
(1)重なっている小さい方のポリゴンを選択します。
(2)レイヤパネルで対象レイヤの上で右クリックして「エクスポート ー 対象地物の保存」で保温します。
(3)さきほどの空間演算ツールを使います。
(4)出力されたレイヤと(2)で保存したものをプロセッシングツールの「ベクタ一般 - ベクタレイヤのマージ」で統合します。
2つ目の方が簡単ですので、今回はこちらの方が良いと思います。
(1)メニューの「ビュー - ツールバー」で「スナップツールバー」と「高度なデジタイジングツールバー」にチェックを入れます。
(2)「スナップツールバー」をアクティブにします。これは切り抜くために参考とするポリゴンの頂点を正確に選ぶためです。
(3)「高度なデジタイジングツールバー」に「リングの追加」というものがありますので、これで切り抜きます。