はじめまして。
こちらsakua_iayoiです。
ログを見てみたのですが、ダウンロードした国土数値情報の座標系は、JGD2000(EPSG:4612)ですね。
きた さまよりのご回答からレイヤのCRSををEPSG4612に設定はできたという事ですよね。
測地系Ⅵに変換(距離、面積に対応するため)ということ近畿地区にしたいという事ですね。そうであれば画面右下にあるEPSG:4612(OTF)はプロジェクトプロパティをJGD2000の6系ならEPSG2448(OTF)に変換してください。
縦に縮まってという事は、縦横比が変わったという感覚かな?地球は横長なので緯度経度系で書いている場合は緯度1度と経度1度では経度1度の方が1度あたりの長さが長いため、それを補正しているのが平面直角系である測地系X系というものです。そのため幅が狭まったように見えますね。私は縦に伸びたと認識しちゃうので意味合いが違ったら教えてください。
試しに地理院タイルの絵でGD2000とJGD2000の6系の比較図を載せます。
こちらの絵は4612(JGD2000)の絵です。
こちらの方は2448(6系)の絵です。
琵琶湖を中心にしましたが、6系では伊勢湾が見えなくなっていますね。そのくらい変わります。
最初は難しいですが、レイヤのCRSはそのファイルが作成された座標系を示しております。そのため、このレイヤ(ファイル)の座標系はどんな場合でも作成された座標系のまま不変のままです。(自分で座標系を変更保存する場合を除く)。
対して、プロジェクトの座標系はユーザーの任意で変更可能です。作業内容によって変えてください。
あと、面積を出したり長さを出したりするならば、ば国土数値情報のファイルをQGISの機能を使い6系に変更してしまったほうが良いかもしれません。
QGIS2.X系でオンザフライを使用したまま面積や長さを算出すると何だかおかしな結果が出てしまう事が多々あります。
そのためオンザフライをいったん切った方が良いですし、念のため、計算したい座標系にファイルも変更したものを作ってからやった方が良いかもしれません。
①「JGD2000のファイルです。」という部分で右クリックします。そして「名前を付けて保存」をクリックします。
②下図のように設定して保存する。一番上の形式を「ESRI Shapefile」にしてパスというところは保存先です。ブラウズをクリックして保存先を指定します。
最後のOKを押せば保存できています。
あ、ファイル名は後から座標系が分かるように「EPSG~」と数字を入力しておくと楽です。
オンザフライの切り方ですが、画面の右下の
EPSG~という部分をクリックします。
その後出てくるダイアログで
①座標系を選ぶ
②オンザフライ~のチェックを外す。
計算時に国土地理院タイルはどっかに飛んで行ってしまいますが気にせず、計算が終わったらオンザフライに再びチェックを入れると戻ってきます。