こんにちは
まず大前提ですが、地球は球体なので、正確に 1km 間隔の正方形を作成することは
できません。地図(平面)にするうえで、距離や方位といった情報のいずれかは
歪んだりして不正確となります。
(ある程度狭い範囲であれば実用レベル(測量レベル)で平面とみなせるため、
その特定範囲においては、許容誤差内で 1km 間隔グリッドは可能です。)
すでに日本全域の「 1km 間隔」データをお持ちのようですが、おそらくそれは
ある投影法(おそらくメルカトル図法やランベルト正角円錐図法あたり)で
地図(平面)にした地図紙上における「 1km 間隔」だと思います。
当然、実際の距離や方位からは歪みを含んだものです。
それをふまえたうえで、以下の操作を行えばよいと思います。
・南西原点情報 XLLCENTER / YLLCENTER ( CENTER ではなく CORNER でも可)に
データを整備したときの投影法(メルカトル等)で確認し、入力
・CELLSIZE は(一般に GIS の投影法ではメートル単位なので) 1000
・作成したラスタデータを、その投影法で認識するように設定(レイヤプロパティより)