こんにちは
GIS ソフトによって考え方は異なりますが、 QGIS の場合、地球表面として考えておらず
地図上の座標(平面座標; QGIS 用語でいうところのデカルト座標)として計算されます。
すなわち、レイヤの座標系が地理座標系であろうと投影座標系であろうと、
メルカトル図法であろうとモルワイデ図法であろうと、そのレイヤに
保存されているジオメトリデータの座標の数値そのものを利用して計算しています。
座標値 (0, 0) の点と (10, 10) の点の中間に位置する点は (5, 5) とみなされます。
「グリッドを作成」で点形式のグリッド(格子点)を作成し、ボロノイ多角形を作成してみると
わかりやすいかと思います。
当然、その座標系における (0, 0) - (5, 5) 間と、 (5, 5) - (10, 10) 間の地球表面上(回転楕円体)の
距離は異なります。
ですので、「どちらのボロノイ分割も(そのレイヤ座標系において)正しい結果」であり、
「どちらのボロノイ分割も(地球表面上において)正しくない結果」といえます。
(平面直角座標系も誤差を含みますので、正確ではありません。)