こんにちは
国土地理院が提供している DEM では、航空レーザ測量によるもの、写真測量によるもの、
地形図から生成したものの3種類存在します。
(通常の)航空レーザでは、水面や湖床部の標高を取得することが困難なため、
河川や湖沼部の標高は欠損した状態で提供されます。このため、欠損部を抽出することで
湖沼の可能性が高い地域を得ることができると思います。
ただし、レーザ測量は都市部を中心に行われており、林野部ではそもそも
レーザ測量による標高データが提供されていないこともあります。
写真測量では、樹木により地表部が写らないこともあり、林野部での精度は落ち、
また仮に湖沼部が写っていても、水面に相当する標高となります。
地形図を用いたものは微地形が反映されておらず、非常におおまかなものになります。
このように窪地の検出以前に、そもそも湖底部の標高データが提供されていないので、
湖沼部は窪んだ状態になっていません。
もし自前や関連機関により、水部につよいグリーンレーザ測量を実施して標高データを
保有している場合は(詳しくないので違うかもしれませんが)測量して得られた
オリジナルデータのファーストパルスとラストパルスより水部と推定できるかもしれませんし
通常のレーザ測量を実施した場合でも、その特徴から水部の判定ができるかもしれません。
別の方法としては、基盤地図情報の水涯線データを利用して湖沼部の候補を
あたっていく方法もあると思います。