こんにちは
結合、プロジェクト保存、再起動後プロジェクト読み込みを行ったのち、
もとの Shapefile および作成した CSV のレイヤプロパティを開いて
エンコーディングの設定はどのようになっているか確認してみてください。
また Shapefile レイヤのレイヤプロパティよりテーブル結合の状態も
併せて確認してみてください。
値を何度も書き換える必要があるなど、属性データをエクセルで編集し、
CSV で管理するのでなければ、動的にテーブル結合するのではなく、
プロセシングツールの「属性テーブルで結合 (table join)」で、結合した結果の
GIS データを作成し保存してしまう方がおすすめです。
また、設定メニュー→オプション→データソースより、地物コピー時に
WKT 情報が付与されるように設定変更し、 GIS データをエクセルにコピーする際
位置情報付きの CSV として保存し、編集後 QGIS で読み込む際も、位置情報付きで
読み込むといった方法もあります。
その場合、読み込んだあと別形式に変換するのがおすすめです。