投稿者さま
福岡さま
こちらizayoiです。
今回の座標系エラーに関しては、TJさまの投稿内容と完全に一致ですね。
QGIS以外で作成した、JGD2011の「緯度経度座標系」の場合に読み込んでくれない場合が多いかなと感じています(平面直角座標系ならばArcGISでつくったものも読み込んでくれる場合もある)。
福岡さまの定義方法の修正方法はいいですね。私はいつも新規ファイルとして座標系を指定して保存しておりました。バージョン管理しなくても問題ないファイルの場合、ファイルが増えないので分かりやすい。
少なくとも、私の環境下でのQGIS2.16.3にはJGD2011(EPSG:6668)の緯度経度座標系がはなかったので、私の場合は、この座標系のファイルの場合にはQGIS2.16を使ってはいけないと判断しております。
平面直角座標系に関してはQGIS2.16にも2011シリーズがあるのですが・・・。何故だ?
愛知県全体を実行した場合、Core i5のメモリ8GBデスクトップで愛知県全体で10分以上計算したのちにクラッシュレポート、市町村別統合でも同様。環境にもよるので何とも言えませんが
QGIS2.16でディソルブはちょっと不安定なところもあるので、バージョンを変えて実行をおすすめします。