画像の隅に見えているスケールバーが0.4mになっていますが、河川の全体がある程度見えているならば
やはりCRSの変換で何か起こっていそうな気がします。
バッファのもとになる河川のベクタは国土数値情報でしょうか?
もしそうならJGD2011(ダウンロードした時期等によってJGD2000の場合もある)なので、プロジェクトのCRSをそれに合わせてください。
その状態からJGD2000/Japan Plane Rectangular CS VⅢに変換して、バッファを作るとできるのではないかと思います。
河川のベクタがOpenstreetMapならWGS84、基盤地図情報ならJGD2011から変換してみてください。