こちらizayoiです。
メイン使用は2.16.3です。
2.18で起動すると
semi-Automatic Classification Pluginに関しては私の方もうまく使えない時が多いかなと思っております。(もっとも、直接画像をダウンロードして分析した方が早いから最近はそうしてます。範囲は切り出せばいいだけだし。)
qProfに関しては、2.18でエラー返ってきますね。
バージョンアップでエラーが出るのは仕方がないと割り切って、2.14,2.16,2.18の最新版全部を一応インストールして、動くもので活用しております。
プラグイン自体のバージョンアップでエラーが出た場合は、プラグインのダウングレードを試みる。方法としては
C:\Program Files\QGIS 2.14\apps\qgis-ltr\python\plugins
に張り付けてして、QGISを再起動。動くかどうか試してみる。
旧バージョンと新バージョン、たとえば2.16と2.18を共存させるという方法は間違っていないと思いますよ。過去バージョンの方が使いやすいダイアログがあるのもありますし。
その場合は各バージョンにパッケージされているgdalのバージョンが異なるので、よっぽどの事がない限り問題ないですがちょっと計算方法が変わっていて数値が変わってくることもあるって事を意識しておくぐらいですかね。