tkesh shmoto 様
うまくいったようで良かったです。
地物の選択に関してですが、次図は何も選択していない状況です。

上の赤で囲んでいる「領域又はシングルクリックによる地物の選択」アイコンをアクティブにすると地物を選択できます。
黄色になっているところが、選択された地物です。

入力ベクタレイヤで「選択された地物のみを利用する」にチェックを入れると、次図のような出力になります。
属性テーブルもあわせて表示していますが、ポリゴン数は1つになっています。
ポリゴン数が合わないということですが、処理する際の入力レイヤなどを誤っているとかはないでしょうか?
属性テーブルで行を選択して、上にある虫眼鏡の形をしたアイコン「選択された行のデータに地図をズームする」を使うと、データの確認ができると思います。
