こんにちは
RGB画像は背景とするオルソ画像がメインでしたので、ちょっと調べてみました。
一応解決策まで考えましたが、もっと良い方法があるかもしれません。
まずお悩みのラスタですが、土地利用のラスタデータのようなものが対象だと思います。
レイヤのプロパティの「情報」タブで確認すると、データタイプは「8bit符号なし整数(Byte)」となっていて、単バンドのデータです。
これをカラー表示させる仕組みですが、「シンボロジ」タブをご覧ください。
レンダリングタイプが「カテゴリ値パレット」となっています。
次の画像では「10」という値に黄色を割り振っています。これは土地利用の「田」のコードに、「黄色」を割り振っているものです。

計算結果がグレースケールになってしまったのは、この設定が維持されなかったからだと思われます。
解決策としては、このカラーパレットをエクスポートして、新たに生成したGeoTiffへ読み込むと良いと思います。
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