こんにちは
ラスタデータは、全体領域の位置情報をワールドファイルなどで保持することが
できますが、各セルの位置はもっておらず、縦横セル数(解像度)に従い計算されます。
そのため、それぞれのラスタデータの座標参照系、セルサイズ(全体領域サイズ/セル数)、
結合前のセル領域と結合後のセル領域などが等しくないと、結合時にセル値の補間が
必要となり元のセル値を保つことが難しくなります。
これらの条件を満たしているという前提で、一番ラクなのは「仮想ラスタの構築」だと
思います。これはどこにどのラスタデータが配置されているかを保存したデータなので
元ファイルが削除されると正しく表示できませんが、ラスタファイルが巨大な場合や
数多く結合する場合はパフォーマンスに優れています。
また実際に結合する場合には「ラスタを揃える」や「結合( gdal_merge )」、
ラスタ間で重複領域がある場合は「ラスタ計算機」などが利用できると思います。