こんにちは
やはり設定等の詳細がいまいちわかりませんが、不透明度50%であれば、半透明となり
色が混合されるのは当たり前かと思います。
その場合、「2レイヤの場合、重なっている部分は表示されない」ということはなく
2つのレイヤであっても重なりあえば色は混合となるはずですがいかがでしょうか。
半透明になるのが嫌であれば、不透明度を100%にすれば透過はされません。
不透明度(透過率)の設定に関しては地物のシンボロジー設定の塗りつぶし色における
不透明度設定と、レイヤレンダリング設定としての不透明度設定があります。
同一レイヤの地物が重なる場合、前者は重なり合った部分が濃く描画されますが、
後者は不透明状態で重なり合った結果を半透明のレイヤとして描画します。
地物同士は透過させず、レイヤ全体を透過させたいのでしたら、レイヤをマージし
ひとつのレイヤにまとめたあと、レイヤに対し不透明度を設定する方法もあります。

オレンジの円は地物の塗りつぶし色の不透明度が50%、
青の縁は地物の塗りつぶし色の不透明度は100%だが、レイヤ自体の不透明度が50%。
グリッド線は下位の別地物(背景)。
なお、最初の投稿であるような白黒背景画像のコンターなどを隠さず描画させるために
ポリゴンを半透明にしたいのであれば、土砂災害警戒区域などのポリゴンを不透明にします。
不透明にすることで、複数の地物が重なったとき、下位のレイヤ上の地物は覆い隠されます。
そして、レイヤ重ね順で背景画像を土砂災害警戒区域などのレイヤより上位に設定し、
背景画像レイヤのレイヤレンダリング設定の混合モードを乗算や比較暗合成にします。
背景画像ラスタがどのようなものかにもよりますが、白色部分が透過し、黒線のみを
ポリゴン上に重なる描画になると思います。