おはようございます。
すぐに思いつくものとしては2つあります。
1 ポイントの座標を数値で入力する
ジオリファレンサーでポイントを追加した際に「パップキャンパスより」ボタンをクリックして座標を得る方法で作業をしていたと思います。
しかし、「パップキャンパスより」ボタンがある「地図座標より入力」ダイアログでは、直接座標を入力できます。
そこで1枚目のtifのレイヤプロパティでメタデータタブから4隅の座標を確認しておきます。
メタデータタブの一番下にあるプロパティを見ていくと、下の方に「レイヤ領域」というものがありますので、x座標最小値,y座標最小値:x座標最大値,y座標最大値が確認できます。
この数値が確認できれば4隅の座標は分かると思います。
これを直接数値として入力します。
2 ワールドファイルを利用する
画像を見掛けただけの判断ですが、1枚目と2枚目の画像は範囲とピクセルサイズが同じように見えます。
もしそうであれば、1枚目のGeotiffからワールドファイルを生成し、そのファイルの拡張子をtfwからjpwに書き換えます。
このファイルをjpgファイルと同じ場所に置いてからjpgファイルを読み込むと、位置を持ったデータとして張り付くはずです。
ワールドファイルの生成については、次のサイトをご覧ください。
QGISでGeoTIFFからワールドファイルを生成