片山 様
こんにちは
国土数値情報のデータですが「1.国土(水・土地)- 水域 - 河川(ライン)(ポイント)」という前提でお話しします。
データについてのWeb上の説明を確認しましたが、座標系は「JGD2000/(B,L)」となっていました。
B、Lはドイツ語の緯度、経度の頭文字なので、CRSはJGD2000(EPSG:4612)が正しいことになります。
そして北海道のデータをダウンロードして確認しましたが、拡張子が「prj」というファイルが含まれていませんでした。
Shapeファイルは複数のファイルで構成されているのですが、「prj」は空間参照に関する情報を持つファイルです。
これが含まれていないために、プロジェクトのCRSへ暫定的に設定されたように思います。
さて修正の仕方ですが、設定されたCRSの右端にある地球のような形をしたアイコン(CRSの選択)をクリックしてください。
「座標参照系の選択」というダイアログが立ち上がると思います。
一番上にあるフィルタに「4612」と入力すると候補を絞ってくれますので、「JGD2000(EPSG:4612)」を選択して「OK」ボタンをクリックしてください。
なお見かけ上はこれで重なりますが、解析なども行いたい場合はCRSを揃えておいた方が無難です。
その場合ですがレイヤパネルの該当レイヤ上で右クリックして「エクスポート - 新規ファイルに地物を保存」を選びます。
ファイル種類やCRSなどを任意に設定できますので、必要に応じてエクスポートしてください。
最後にですが、以前にQiitaへ投稿した記事があります。
お暇なときにでも読んで頂ければ、何かのお役に立つかもしれません。
参照座標系のざっくりとしたお話し
https://qiita.com/fukuoka1960/items/2318898e47ec1e749e1c