①csvファイルの読み込み→②shpファイルへのエクスポート という2段階の手間ですが…
pythonとプラグインを駆使してできそうでしたので情報共有させていただきます。
なおプログラミングは全くの素人なので、前半部分はネットからの受け売りです。
前提:Cドライブ直下の「temp」というフォルダにa.csvとb.csvがあり、この中の「x」「y」というフィールドにx座標y座標が記録されている
※このうちa.csvについてはフィールド数、レコード数ともに1000以上で試行してみました
動作条件:QGIS2.18
※QGIS3以降は、pythonの記述の仕方が変わったのか実行エラーが出ました…
1. 「プラグイン」メニュー > pythonコンソールを表示、「エディタの表示」をクリック

2. 出てきた右側のウィンドウに以下のコードをペースト
※黄色の部分を、お使いのデータに合わせて変える必要があります(たぶん)
import os.path, glob
layers=[]
for file in glob.glob('C:/temp/*'): # Change this base path
uri = "file:///" + file + "?type=csv&xField=x&yField=y&spatialIndex=no&subsetIndex=no&watchFile=no&crs=epsg:4326"
vlayer = QgsVectorLayer(uri, os.path.basename(file), "delimitedtext")
vlayer.addAttributeAlias(0,'x')
vlayer.addAttributeAlias(1,'y')
layers.append(vlayer)
QgsMapLayerRegistry.instance().addMapLayers(layers)
3. 実行すると読み込まれます

4. Batch Save Layersというプラグインをインストール、起動
5. 以下のように設定

6. 「OK」をクリックすると、「Destination Folder」で指定したディレクトリの「ESRI Shapefile」というフォルダの中に変換後のシェイプファイルが保存されます