honchan 様
こんにちは
とりあえずの予想なのですが、MBTiles作成の際にタイルのダウンロードがタイムアウトして、一部が抜け落ちたのだと思いました。
プロセッシングツールの「ラスターツール - XYZタイルの生成(MBTiles形式)」だと1発勝負になりますが、「ラスターツール - XYZタイルの生成(MBTiles形式)」であれば複数回トライして不足したタイルを追加することが可能と思いますので、こちらを使ってはいかがでしょうか?。
手順は次のようになると思います。
プロセッシングツールの「ラスタツール - XYZタイルの生成(ディレクトリ形式)」でタイルをダウンロードします。
不足するタイルがある場合には、取得できるまでトライします。
ダウンロードしたタイルをオフラインで表示させることができます。
XYZTilesでURLを「file:///ローカルパス/z}/{x}/{y}.jpg」と設定します。
設定例ですが、デスクトップに「Tiles」というフォルダを置く場合には次のようになりす。
「file:///C:/Users/アカウント名/Desktop/Tiles/{z}/{x}/{y}.jpg
※パスは「\」ではなく「/」を使うことに注意
ダウンロードしたファイルを使ってMBTilesを作ることもできます。
作り方はこちらの記事が参考になると思います。
森林土木memo-地理院地図のMBTilesの作り方メモ-
なお私の環境で試してみましたが、記事のとおりには作業できませんでした。
「OSGeo4w Sell」では「py3_env」を実行してから、作業に入ると良いようです。