こちらizayoiです。
①保存してある場所及びファイル名を半角英数字にしてみる。(だけど、最近のは日本語入っていても問題ないこと多いので、意味ないかも)
②見た感じ、書いてある赤いラインのポリゴン(ポリゴンですよね?ライン地物ではないですよね?)は捻じれていないような感じなので大丈夫なんですが、
プロセッシングツール→ジオメトリの修復
を試みてください。もしかしたら図形が変だと認識されているかもしれません。
③自分はこのような時に経験したこととして
QGIS Desktop 3.12.1 with GRASS 7.8.2
のようにGRASS版の方でファイルを読んでやるとすんなり切れたりもしますね。
思いつく解決策でした。
なお、自分の方で5m_demを適当に取り込んで切ってみたのですが、すんなり切れてしまいました。
64bit版のQGIS Desktop 3.12.1 with GRASS 7.8.2
を使用しております。