ああ 様
こんにちは
「質問1」について
「表示したいデータ1」と「表示したいデータ2」の座標系は「Tokyo/Japan Plane Rectangular CSⅨ」で揃っているはず、との前提が間違っています。
「データ1」についてのHP上の説明を見てみましょう。

鉄道データのCRSは「JGD2011」です。座標は緯度経度で与えられています。
次に「データ2」についてのHP上のを見てみましょう。

道路のデータは「JGD2000」と「Tokyo」の2つのようです。おそらく都道県によって違うのでしょう。
それではダウンロードした東京都のファイルから、「N01-07L_13-jgd.xml」をメモ帳で開いて見てみます。

道路データのCRSは「JGD2000」です。座標は緯度経度で与えられています。
さて、以上の説明は「レイヤのCRS」についてです。
読み込んだデータのCRSは、レイヤのプロパティの「ソース」タブで設定できます。
鉄道は「JGD2011(EPSG:6668)」、道路は「JGD2000(EPSG:4612)」と設定してください。
見つけにくい場合は、EPSGの番号をフィルタに入力してみてください。
一方、画像で示されているのは「プロジェクトのCRS」です。
各レイヤの地物は、「プロジェクトのCRS」に合わせた位置に自動的配置されます。
簡単に言うと「見た目」を左右するものだと思ってください。
「質問2」について
赤道周辺では1度あたりの距離がほぼ同じになりますが、日本周辺では経度1度あたりの距離が短くなります。
距離が短いのに同じ1度として表現しますので、地理座標(緯度経度)をプロジェクトのCRSにすると横太りの地図になります。
プロジェクトのCRSは「見た目」を決めるものですので都合の良いものを選んで良いと思いますが、旧測地系(Tokyo)ではなく、他のものを選んだ方が良いと思います。
JGD2000やJGD2011にも平面直角座標がありますので、そちらを使うのが一般的かと思います。
また後で不要な分は削除すると思いますが、鉄道は全国に跨がりますので「WGS 84 / Pseudo-Mercator(EPSG:3857)」を使うのも有りかと思います。
最後に
鉄道をJGD2011、道路を「JGD2000」で読み込んで、他のレイヤと重ならなかった場合は、他のレイヤの設定が間違っている可能性が高いです。
記事にも書きましたとおり、WEBマップに重ねると確認しやすいのでお勧めしています。
2022年7月13日水曜日 14:13:09 UTC+9 ああ: