こんにちは
ちょっと確認させてください。
ダウンロードしたDEMデータですが、変換して1つのTiffデータにしていますでしょうか?
文章を読む限り、ダウンロードした複数のDEM間で等高線がうまく繋がっていないように感じました。
もしそうであれば、ツール使って1つのTiffデータにまとめてから等高線を得る処理を行うのが良いと思います。
ツールはエコリスさんが公開している「基盤地図情報 標高DEMデータ変換ツール」とMIERUNEさんが開発した「QuickDEM4JP」があります。
「基盤地図情報 標高DEMデータ変換ツール」は次のサイトをみてください。
https://www.ecoris.co.jp/contents/demtool.html「QuickDEM4JP」はメニューの「プラグイン - プラグインの管理とインストール」からインストールできます。
どちらも良いツールですので、お好みのツールを使ってください。