かやまと申します
可能なら QGIS3.28でやってみると プロセッシングのダイアログの左下に 「詳細パラメータ」というボタンがあるので
そこをクリックすると指定したパラメータを Pythonコマンドや qgis_process コマンドにしてくれる機能が
追加されています。
ダイアログで手動で設定が1件でもできるなら、そこで作成した設定をこの機能でPythonかqgis_processのコマンド
にしてみて実行できることを確認してみるといいと思います。
(JSONは多分バッチ実行用の入力かもしれません)
あとは必要なポイントの座標をテキストではきだして、上記のコマンドかJSONに埋め込んだリストつくって
実行するとか。
ポイントのテキスト出力はいろいろな方法があると思いますがポイントのレイヤでフィールド計算機を使って
ジオメトリのXとYの座標をカラムに吐き出したものを作成するとかして、それをレイヤのエキスポート機能で
CSVに出力する。
出力したCSVファイルを1行づつ読んで上記でつくったコマンドテキストに埋め込むとか(Pythonで書くか
Excelとかでなんとかするか)。このとき出力先も指定も全部別ファイルにするならそういう指定をするとか。
Windows版だとqgis_process というのが多分メニューにある OSGeo4w shell というところで利用できます。
batファイルというやつを作って、そこに上記の qgis_process コマンドというやつをたくさん書いてバッチ処理することもできます。
あたりでできるかもしれません。