おはようございます。
上の透過率は個別のシンボルに対するもの、下の透過率はレイヤに対するものだと思います。
例えば自分で以前作ったものですが、車のスピードを記録したものをデータでスタイル別けしたものがあります。
レイヤは1つで次のようなものです。

レイヤのスタイルタブは次のとおりで、レイヤで透過率を設定しています。透過率のスライダは1つです。

赤丸のところをダブルクリックするとシンボルセレクタが立ち上がります。こちらにも透過率のスライダがあります。
表示ではレイヤで透過率を設定しているので、透過したものになっています。

レイヤの透過率はレイヤ全体をまとめて設定する場合に便利で、シンボルの透過率は個別に透過率を設定したい場合に使うものだと思います。
例示なさったものは共通のシンボルだったので、シンボルの透過率とレイヤの透過率が1つのパネルに表示されたのでしょう。