こんにちは、
地物と属性の関係が壊れる原因については、不要な情報がexcelの方に書き込まれしまったのだと思います。
ただし、それな何かというところまでは、ケースバイケースのため、お答えするのは難しいです。
また、地物が多くて「excelでのdbfファイルの編集は必須」とのことですが、これはshpファイルを編集モードに切り替えて、編集をするとレスポンスが遅くなるといった点で問題があるということでしょうか。
そうであれば、shpにファイルにユニークなIDを振って、それをcsvファイルで出力、その出力したものを編集してshpと結合するという方法をとった方が良いと思います。
きたさんが仰っているとおり、dbfファイルをexcelで扱うのは、破損する可能性が極めて高いので、図形として扱う部分と、テーブルとして扱う部分を分けて管理した方が効率的かと思います。
取りいそぎ、参考までに。