一発でやる方法が思いつきませんでしたので、手順と考え方を示してみます。
前提として
・2つの境界データは、一番外側の境界はぴったり重なって共通している(A県の形はどちらのデータでも共通、内部の分割の仕方が違う)
・境界データでやる以上、統計値は基本的に「面積按分」する(他の考え方はあるでしょうか?考えが至らなかったらすみません)
小地域データをA、独自のデータをBとし、どちらもIDを付与して面積を算出しているものとします。
①ベクタ→オーバーレイ→Intersection (バージョンによってツール名が違うかもしれません)でAとBをIntersectする
→結果として、県をAとB両方の境界で分割したデータCができる。属性はどちらのデータのものも保持される。
②属性テーブル→フィールド計算機で、できたデータの面積を算出する
③Cの中のあるひとつの地物aに着目すると、aの属性としてA(もとの小地域)の面積データとC(細切れ後)の面積データがあるはずなので
フィールド計算機で(Cの面積)/(Aの面積)を計算
→ある地物aの面積が、それが属する小地域の面積の何割にあたるか、という割合が計算される
④もともと持っている小地域Aのデータ(たとえば人口)に、上で計算したC/Aを掛けることにより、Aが持つ人口データを面積按分した数値がCに入る
⑤必要なデータ分上記④を繰り返す
⑥Dissolve with StatsプラグインでBのIDをもとに結合(このプラグインはバージョン3.0以降にはないかもです...)
データ数によっては、③〜④はエクセルでやったほうが早いかもしれません。
また、小数点以下の扱いにより計算前後の合計値が変わってしまうかもしれませんのでご注意ください。