Instalação do TauDEM no Ubuntu 14.04

[Processamento Digital]

Boa noite Leônidas e amigos da lista,

Estou tentando finalizar a série sobre instalação do programa TauDEM e gostaria de definir os passos para instalação do programa no Ubuntu 14.04. Eu uso Linux aqui mas não me considero um usuário avançado, porém, isso não impede de tentar contribuir com alguma dica.

Após um enorme esforço, o TauDEM foi instalado com êxito, mas estou com um problema de leitura de pastas. Se for este o problema, gostaria de pedir ajuda para criar este tutorial para o TauDEM.

Os passos que iniciei até compilar o programa estão descritos do documento em anexo. Após a conclusão desse processo com ajuda da comunidade, irei finalizar o tutorial e publicar no site.

Abraços,

Jorge Santos
Técnico em Geoprocessamento
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[Arlindo Fabrício Corrêia]

Caro Jorge, boa noite.

Já instalei e rodei o TauDEM no Ubuntu... na época foi o com o QGIS 1.8

Eu não me recordo com certeza, mas possívelmente tenha instalado o TauDEM em uma pasta na /home., pois é algo que faço normalmente.

Lembro que funcionou quase 100%, depois da instalação do MPICH2 (via synaptic). Uma das operações tinha uma falha e acabei me voltando ao GRASS.

Posso instalar novamente neste fim de semana e lhe dizer o que acontece.

Encaminho uma foto do antigo.

Grande abraço.

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Arlindo Fabrício Corrêia
Engenheiro Agrônomo - (45) 9974-3239

Doutorando em Agronomia - UNIOESTE - Mal. Cdo. Rondon/PR

[Rafael Dantas]

olá Jorge,

qual é o problema exato? Quais seriam as pastas? Você se lembra que as pastas do sistema possuem regras de leitura, escrita e execução?

Ou seja, as pastas do sistema possuem permissões limitadas e  talvez seja necessário dar permissões a elas.

o comando  ls -la vai te retornar a configuração das permissões dos arquivos e pastas.

Para dar permissões você pode usar o comando "chmod"

por exemplo, para dar todas as permissões a pasta /var/www, execute o comando:

/$ sudo chmod ugo+rxw /var/www

para além da pasta, aplicar as permissões as pastas e arquivos, execute:

/$ chmod ugo+rxw /var/www -R

lembrando que, as siglas ugo, siginifica user - group - others, ou seja vc pode dar a permissão para o usuário dono (acho), o grupo de usuários e os outros....ou seja, todos, e vc pode dar as permissões de r (leitura), x (execução), w (escrita) e aplica-las todas ou combinadas, dependendo da necessidade.

mas o guru da linha de comando, julio menezes, pode ajudar mais....

[]s

Em 27 de março de 2015 21:29, Processamento Digital <jorgepsa...@gmail.com> escreveu:

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Rafael Dantas

[Processamento Digital]

Agradeço muito, Arlindo. Fico no aguardo do seu passo a passo para instalação do |TauDEM no Ubuntu! Agradeço antecipadamente!

Que lista bacana, Rafael! Olha, eu acho que o problema envolve diretórios pelo log de erro que o processo forneceu. Na verdade, Rafa, eu preciso instalar e deixar o TauDEM funcionando no Ubuntu. Se você conseguir fazer isso, fico grato! Instalar eu consegui, agora o desafio reside em deixá-lo operante.

Jorge Santos
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[Rafael Dantas]

Olha Jorge,

estou indo dormir agora (dormir é para os fracos...rs) e este final de semana tenho pós, se sobrar um tempinho eu tento a instalação. Mas certamente o guru do shell Júlio Menezes vai ter lido esta mensagem até lá...rs

saudaçoes

Rafael Dantas

[Leônidas Descovi Filho]

Jorge, Arlindo, Rafael e demais camaradas

Estou bastante feliz em ver todas essas dicas e tutoriais. No entanto estou apertado de tempo, devido finalização de meus estudos. Além do Julio  Menezes, existe o Arthur Nanni outro guru dos SO. E com certeza existem outros mais. Basta sobrar um tempo para essa galera contribuir..

Vamos q vamo em frente! Aquele Abs

Leônidas

Em 28 de março de 2015 00:05, Processamento Digital <jorgepsa...@gmail.com> escreveu:

[yjmenezes]

Jorge,

Bom dia

Vou dar uma olhada aqui e ver se posso ajudar a enriquecer o "tuto" que esta escrevendo.

Se nao me falha a memoria havia uma dependencia:  libOpenMPI1.3 , isso no Debian7 64bits.

O TauDEM esta rodando sem nenhum problema em meu GNU/Linix Debian7x64.

Quem mantem o TauDEM no QGIS eh o Alexander Bruy. Vou dar uma olhada no github (alexbruy).

[]s
julio menezes
PS: anexo screen-shots






 

[yjmenezes]

Jorge,

Boa noite.

Compilei aqui no Debian7x64. anexo script.

Eh necessaria a aplicacao dos patchs que o Alexander Bruy assinalou.

Veja se funciona no Uba.

[]s
julio menezes
cartognu.org

[Processamento Digital]

Obrigado, Júlio! Vocês são feras!

Vou rodar aqui, valeu!

Jorge Santos
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--

[yjmenezes]

Jorge,

Boa tarde.

Em sábado, 28 de março de 2015 22:27:33 UTC-3, Jorge Santos escreveu:

Obrigado, Júlio! Vocês são feras!

Vou rodar aqui, valeu!

Jorge Santos
Técnico em Geoprocessamento
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So estou fazendo um pouquinho.

Eu comecei com Slackware 7.1 em 2000, eram varios disquetes 1.44. A,B,C...X
Instalei 3, A=base L=lib e N=network. Surgiu a minha frente uma tela preta :-)
Eu ja era capaz de: enviar e-mail, navegar na internet,....
Vi que estava diante de um sistema operacional.

Mas nao foi so flores, naquele tempo, conectar uma impressora era uma tarefa gigante.
Entrei em listas e percebi que precisava e tinha suporte, a comunidade ;-)
Hoje, Debian, Ubuntu, Mint,... todos praticamente "plug and play".

E ca estamos nos !

[]s
julio menezes

cartognu.org

[Processamento Digital]

Suas dicas em NIX sempre são valiosas, Julio. Isso mostra a grande experiência que você tem.

Nunca pensou em ter um site de Geotecnologias & Linux?

Você tem uma boa bagagem e sempre está com boa vontade para ajudar.

Jorge Santos
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[yjmenezes]

Jorge,

Boa tarde !

Em domingo, 29 de março de 2015 17:21:37 UTC-3, Jorge Santos escreveu:

Suas dicas em NIX sempre são valiosas, Julio. Isso mostra a grande experiência que você tem.

Nunca pensou em ter um site de Geotecnologias & Linux?

Você tem uma boa bagagem e sempre está com boa vontade para ajudar.

Desculpe-me pela demora em responder, fiquei sem acesso aqui.

Espero que o TauDEM esteja rodando certinho !

Sobre o site,  a minha ideia com o http://cartognu.org eh justamente esta, prestacao de servicos com ferramentas OpenSource.
Preferencialmente focarei em ambiente *NIX pois eu nao uso Windows ou uso XP, muito raramente por sinal.
Meu servidor esta rodando varios servicos, e estou testando outros localmente para implementacao.

Tenho muita bagagem em aerolevantamentos, topografia e no uso de computadores, sou do tempo ("when men were men and wrote their own device drivers").

O lado cliente estou focando em acesso via "browser" para nao ficar dependente de plataforma.

[]s
julio menezes








 

[Mônica Pacheco]

Olá, Julio

Sou Mônica, Bióloga, e preciso delimitar bacias hidrográficas como parte da metodologia de minha pesquisa de dissertação. Estou recebendo auxílio do Jorge Santos e o mesmo me repassou um scrip shell para instalar/compilar o TauDEM no ubuntu 14.04. Bem, eu uso a distro Mint 17 e o script apresentou o erro abaixo. Podes me ajudar? Agradeço!

-- The C compiler identification is GNU 4.8.2

CMake Error at /usr/share/cmake-2.8/Modules/CMakeDetermineCXXCompiler.cmake:55 (message):

  Could not find compiler set in environment variable CXX:

  mpicxx.

Call Stack (most recent call first):

  

CMake Error: Error required internal CMake variable not set, cmake may be not be built correctly.

Missing variable is:

CMAKE_CXX_COMPILER_ENV_VAR

CMake Error: Error required internal CMake variable not set, cmake may be not be built correctly.

Missing variable is:

CMAKE_CXX_COMPILER

CMake Error: Could not find cmake module file: /tmp/tau/src/build/CMakeFiles/2.8.12.2/CMakeCXXCompiler.cmake

CMake Error: CMAKE_CXX_COMPILER not set, after EnableLanguage

-- Configuring incomplete, errors occurred!

See also "/tmp/tau/src/build/CMakeFiles/CMakeOutput.log".

make: *** Sem regra para processar o alvo `install'.  Pare.

pitremove:

[yjmenezes]

Monica

boa tarde.

Em sábado, 11 de abril de 2015 16:06:02 UTC-3, Mônica Pacheco escreveu:

Olá, Julio

Sou Mônica, Bióloga, e preciso delimitar bacias hidrográficas como parte da metodologia de minha pesquisa de dissertação. Estou recebendo auxílio do Jorge Santos e o mesmo me repassou um scrip shell para instalar/compilar o TauDEM no ubuntu 14.04. Bem, eu uso a distro Mint 17 e o script apresentou o erro abaixo. Podes me ajudar? Agradeço!

-- The C compiler identification is GNU 4.8.2

CMake Error at /usr/share/cmake-2.8/Modules/CMakeDetermineCXXCompiler.cmake:55 (message):

  Could not find compiler set in environment variable CXX:

  mpicxx.

Call Stack (most recent call first):

veja se foram instalados: o cmake e o  mpich2

sudo apt-get update
sudo apt-get install   mpich2  cmake

qq coisa me avisa, se  nao for este o problema.

Eu nunca usei o Mint, amanha  vou instalar aqui para dar uma olhada. 
Vou instalar x64 o 17.1 com interface grafica MATE,  curiosidade minha.

O repositorio deve ter o mesmo conteudo do Debian,   +- 30 mil    aplicativos.

Fico feliz em ter uma *NIXer.
Esta bem assessorada, Jorge Santos conhece muito de geo.

[]s
julio menezes
cartognu.org

[Mônica]

Julio, valeu, mas o cmake e o  mpich2 estão instalados e, ao tentar rodar de novo, apareceu o mesmo erro.

Mônica

[yjmenezes]

Monica,

Boa noite.

Em sábado, 11 de abril de 2015 19:14:15 UTC-3, Mônica Pacheco escreveu:

Julio, valeu, mas o cmake e o  mpich2 estão instalados e, ao tentar rodar de novo, apareceu o mesmo erro.

Amanha baixo o Mint e vejo aqui com calma.

Pode instalar tambem:
 
sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential fakeroot devscripts

Eh legal compilar para o Mint tambem, acertar o script, isso pode ajudar a outros usuarios. Eu compilei em  Debian7x64.

bom domingo
[]s
julio menezes

[Processamento Digital]

Reproduzi aqui no Linux Mint 17, o mesmo da Monica.

Mesmo erro, Júlio. Vai tr que refazer o script para o MInt.

No UBA tá funcionando de boa!!!


​

Jorge Santos
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[yjmenezes]

Monica e Jorge.

Boa tarde.

Em sábado, 11 de abril de 2015 21:12:39 UTC-3, Jorge Santos escreveu:

Reproduzi aqui no Linux Mint 17, o mesmo da Monica.

Mesmo erro, Júlio. Vai tr que refazer o script para o MInt.

No UBA tá funcionando de boa!!!

segue o script agora tambem para o MINT 17.1 x64

[]s
julio menezes

[Processamento Digital]

Obrigado, Júlio!

TauDEM compilado sem erros, programa instalado com sucesso no Mint17 Rebecca!

Está faltando agora configurar o provedor internamente no QGIS. No Ubuntu, eu adotei os seguintes caminhos:

​

Fiz o mesmo para o Mint, porém o processo Pit Remove apresentou erro, ou seja, não executou. Então gostaria de saber se os caminhos batem.

Você executou o Pit Remove para esta versão do script, Júlio? Estou enviando um pequeno recorte SRTM para você testar.

Jorge Santos
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[yjmenezes]

Jorge,

Bom dia

Em segunda-feira, 13 de abril de 2015 11:17:46 UTC-3, Jorge Santos escreveu:

Obrigado, Júlio!

TauDEM compilado sem erros, programa instalado com sucesso no Mint17 Rebecca!

Está faltando agora configurar o provedor internamente no QGIS. No Ubuntu, eu adotei os seguintes caminhos:

​

Fiz o mesmo para o Mint, porém o processo Pit Remove apresentou erro, ou seja, não executou. Então gostaria de saber se os caminhos batem.

Você executou o Pit Remove para esta versão do script, Júlio? Estou enviando um pequeno recorte SRTM para você testar.

Jorge Santos
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Eu ja nem tenho mais o Mint instalado.
Baixei, instalei no /tmp.

verifique os paths com o Whereis ou locate

jmenezes@gpl-11:/tmp$ whereis  pitremove mpich2

qq coisa eu terei de reinstalar o Mint, compilar, instalar o QGIS etc, para testar.

via CLI pode executar, sem o QGIS.

[]s
julio menezes
cartognu.org

[Narcélio de Sá Pereira Filho]

Boa tarde galera

Fiz aqui o procedimento que o Júlio indicou e o Taudem está funcionando muito bem no Ubuntu 14.10.

Grande abraço

Narcélio de Sá Mestre em Geografia - UFC Analista de Sistema - Cagece Coordenador da comunidade QGIS Brasil www.narceliodesa.com

[Leônidas Descovi Filho]

Boa Noite Povo do QGIS

Fiz aqui o procedimento que o Júlio indicou e o Taudem está funcionando muito bem no Ubuntu 14.04

Abs Vlw

Leônidas

[Lucas Cavalcante]

Caros, não esta funcionando no debian 8, consigo compilar, mas ao tentar aplicar o comando no Qgis 2.10 aparece a seguinte mensagem.

Algoritmo Pit Remove iniciando...

Comando TauDEM:

/usr/local/bin/mpiexec -n 2 /usr/local/bin/pitremove -z /home/lucas/Documentos/taudem/imagem.tif -fel /tmp/processing/5c059538084242f89f92a8bf450fa922/fel.tif"

/bin/sh: 1: /usr/local/bin/mpiexec: not found

Converting outputs

Carregando camada resultante

O que pode ser?

Atenciosamente,

Lucas Cavalcante.

Em sexta-feira, 27 de março de 2015 21:30:02 UTC-3, Jorge Santos escreveu:

[Processamento Digital]

Chegou a rever os passos da sua instalação, Lucas?

Um bom roteiro para o Ubuntu está aqui: http://www.geoluislopes.com/2015/05/instalar-o-taudem-no-ubuntu-para-uso-no-qgis.html

Jorge Santos
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--

[yjmenezes]

Leonidas,

Segue uma atualizacao do script de compilacao para o Debian8.4x64.
A correcao em minima, instalacao de mais uma dependencia. ( openmpi-bin )

[]s
julio menezes
cartognu.org

[Augusto Vieira]

Obrigado Julio!

Para sua informação o taudem compilado esta rodando também no Ubuntu 16.04.

Valeu

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[Jorge Santos]

Oi @JulioMenezes, pode verificar o script do TauDEM para o Ubuntu 16.04?

Este é o provedor mais chato para instalar. Recebi uma pequena mensagem de erro no final:

https://anotepad.com/note/read/4ersy4

Estou encaminhando o script em anexo. Obrigado!

Jorge Santos

[Jorge Santos]

Opa Júlio, já resolvi aqui. Faltou instalar o cmake.

Obrigado!

Jorge Santos
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[yjmenezes]

@Jorge

thx pelo bug fix. Compilando 100% no Ubuntu 16.04

Segue novo, com versao git do TauDEM.

[]s
julio

[yjmenezes]

[Jorge Santos]

Obrigado, Júlio!

Jorge Santos
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[Fausto Bugatti Isolan]

Caros,

Estou na luta para instalar o TauDEM no Linux Mint 18.3 e utiliza-lo no QGIS.

Estou seguindo o script postado aqui. Passo a passo para entender o que passa. Estou com este erro:

fausto@fausto-alemao ~/Aplicativos/TauDEM/src/build $ CXX=mpicxx cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local ..
-- The C compiler identification is GNU 5.4.0
-- The CXX compiler identification is GNU 5.4.0
-- Check for working C compiler: /usr/bin/cc
-- Check for working C compiler: /usr/bin/cc -- works
-- Detecting C compiler ABI info
-- Detecting C compiler ABI info - done
-- Detecting C compile features
-- Detecting C compile features - done
-- Check for working CXX compiler: /usr/bin/mpicxx
-- Check for working CXX compiler: /usr/bin/mpicxx -- works
-- Detecting CXX compiler ABI info
-- Detecting CXX compiler ABI info - done
-- Detecting CXX compile features
-- Detecting CXX compile features - done
-- Found MPI_C: /usr/lib/openmpi/lib/libmpi.so  
-- Found MPI_CXX: /usr/lib/openmpi/lib/libmpi_cxx.so;/usr/lib/openmpi/lib/libmpi.so  
-- Found GDAL: /usr/lib/libgdal.so  
-- Configuring done
CMake Error at CMakeLists.txt:91 (add_executable):
  Cannot find source file:
    create_outletmn.cpp
  Tried extensions .c .C .c++ .cc .cpp .cxx .m .M .mm .h .hh .h++ .hm .hpp
  .hxx .in .txx

CMake Error: CMake can not determine linker language for target: createoutlet
CMake Error: Cannot determine link language for target "createoutlet".
-- Generating done
-- Build files have been written to: /home/fausto/Aplicativos/TauDEM/src/build

Depois disso ao executar

fausto@fausto-alemao ~/Aplicativos/TauDEM/src/build $ sudo make install
[  0%] Building CXX object CMakeFiles/setregion.dir/SetRegionmn.cpp.o
/home/fausto/Aplicativos/TauDEM/src/SetRegionmn.cpp: In function ‘int main(int, char**)’:
/home/fausto/Aplicativos/TauDEM/src/SetRegionmn.cpp:108:1: error: jump to label ‘errexit’ [-fpermissive]
 errexit:
 ^
/home/fausto/Aplicativos/TauDEM/src/SetRegionmn.cpp:55:23: note:   from here
    if(argc <= 2) goto errexit;
                       ^
/home/fausto/Aplicativos/TauDEM/src/SetRegionmn.cpp:56:9: note:   crosses initialization of ‘int i’
     int i=1; 
         ^
CMakeFiles/setregion.dir/build.make:62: recipe for target 'CMakeFiles/setregion.dir/SetRegionmn.cpp.o' failed
make[2]: *** [CMakeFiles/setregion.dir/SetRegionmn.cpp.o] Error 1
CMakeFiles/Makefile2:67: recipe for target 'CMakeFiles/setregion.dir/all' failed
make[1]: *** [CMakeFiles/setregion.dir/all] Error 2
Makefile:127: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2

Alguma ajuda?

Muito obrigado.

Abraços.

Em quinta-feira, 30 de março de 2017 18:57:05 UTC-3, Jorge Santos escreveu:

Obrigado, Júlio!

Jorge Santos
Analista de Geoprocessamento
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Em 30 de março de 2017 18:03, yjmenezes <yjme...@gmail.com> escreveu:

Em quinta-feira, 30 de março de 2017 17:59:35 UTC-3, yjmenezes escreveu:

@Jorge

thx pelo bug fix. Compilando 100% no Ubuntu 16.04

Segue novo, com versao git do TauDEM.

[]s
julio

Em quinta-feira, 30 de março de 2017 17:25:50 UTC-3, Jorge Santos escreveu:

Opa Júlio, já resolvi aqui. Faltou instalar o cmake.

--
Comunidade QGIS Brasil: http://qgisbrasil.org/
---
Você recebeu essa mensagem porque está inscrito no grupo "qgisbrasil" dos Grupos do Google.

Para cancelar inscrição nesse grupo e parar de receber e-mails dele, envie um e-mail para qgisbrasil+...@googlegroups.com.

[Fausto Bugatti Isolan]

Ok. Solucionado.

Estava utilizando um prerelease do TauDEM. Com a última versão estável consegui instalar.

Valeu!