Eu fiz uns testes hoje e realmente só isso já faz com que o qgis gere os pontos na ordem em que a linha foi criada. Para saber a numeração basta ir na calculadora de campo, criar uma coluna específica para isso e usar a função $rownum, que ele enumera esses pontos.
Pensei que fosse mais difícil porque onde trabalho já quiseram fazer algo deste tipo, usando as ferramentas ESRI, e tiveram que criar dados tipo rede dentro de geodatabases para obter essa ordem ou algo similar a isso. Vou até ver novamente o que foi feito, porque sempre gosto de tentar fazer as mesmas coisas pelo QGIS também.
Att,
Harlan.