De forma geral nem existe mais a necessidade das diferentes camadas (vetores e imagens) estarem todos no mesmo SRC para se visualizar corretamente. Apesar de ser uma boa prática deixar sempre que possível tudo na mesma referência, quando não o próprio Qgis já faz uma conversão automática para o SRC do projeto (transformação on-the-fly). (A necessidade de estarem em SRC igual existe quando se aplica algum processamento analítico)
Dito isso, o único problema real é se você alterar o SRC da camada nessa tela do print por um diferente de qual ela foi criada. Ressaltando que isso seria diferente de reprojetar. Apenas para te explicar: Nessa tela você consegue alterar a referência geográfica que o Qgis vai aplicar à camada, mas não modifica o dado bruto de coordenadas dela. Deixe exatamente da forma que estava. Se mudou e não lembra mais, apenas exclua a camada do projeto e adicione de novo.
Bom, tudo que disse acima é apenas para você entender um pouco de como a lógica funciona, agora o seu problema em si, me parece que não é nenhum erro de SRC. Me parece ser apenas um mal-entendimento sobre a visualização de dados em diferentes escalas. Na sua tela você está visualizando em escala 1:2.360. Você precisa acessar o site onde baixou o seu dado vetorial e conferir em qual escala ele foi produzido, provavelmente vai ser em 1:25.000 ou menor (1:50.000). Em outras palavras, você está dando zoom demais para um vetor que não tem toda essa resolução espacial.