Leonardo,
""A transformação de coordenadas pode provocar a alteração no valor da altitude?""
Se transformacao for mudanca de Datum, sim, nao so pode como deve, se as altitudes estiverem referidas ao epilsoide ( altitude geometrica ).
Ex, WGS84 para SAD69.
Se as altitudes forem ortometricas ( nivelamento geometrico, por exemplo ), neste caso voce pode e provavelmente deve querer manter o valor das altitudes referidas ao datum vertical ( ex: Imbituba ).
[]s
julio