Rapaz, alguma coisa está fazendo de errado, poi no IBGE a camada de municipio está normal, com os campos corretos, incluindo a toponímia dos mesmos...
O que pode ter acontecido:
1 - Baixou apenas o arquivo .shp sobre o antigo com problema, o que não resolveria seu caso.
2 - Baixou em outra pasta o arquivo completo e abriu o antigo, o que continua não resolvendo o seu caso.
O formato (EKA) shapefile é composto por 3 arquivos obrigatorios (em sig) e um opcional, são eles:
O arquivo .shp > contém apenas a geometria desenhada.
O arquivo .DBF > que armazena os dados da tabela de atributos.
O arquivo .shx > Que faz a ligação entre o desenho e a tabela de atributos.
O opcional é o .PRJ que guarda os dados de projeção do arquivo.
Infelizmente esse formato induz a uma série de erros, pois, se falta um desses arquivos acima, gera uma serie de erros no dado.
Os dados do IBGE podem ser acessados através de geoserviços....(No caso dos limite municipais, WFS)
Assim é menos problemático, pois só precisa de acesso a internet, e logo após basta um "Salvar Como" para que os dados fiquem na máquina.