Descobri o motivo do erro.
Devido a os arquivos do MDE estarem dentro de cerca de 5 pastas, acredito que devido ao nome de alguma dessas pastas estar apenas com espaço e não separado no undeline o algoritimo não completava a função.
Tirei a pasta principal coloquei como primeira pasta no HD abri um novo projeto no qgis e usei desse novo local os mesmo arquivos, e o algoritmo r.watershed e o r.fill.dir funcionaram normalmente.
Obrigado yjmenezes pelo retorno.