Boa tarde Natalia,
Deixa eu ver se entendi direito, você quer saber a quantidade de pontos (arquivo de pontos ou importado .csv) que coincidem com uma determinada linha? Bom, no qgis tem uma ferramenta nativa que extrai pontos dentro de um poligono \vetor\analisar\contar pontos em um poligono,, mas creio que não funcione com linhas,,, então, sugiro carregar seu arquivo de ponto e linha,, selecionar os pontos que estão sobre a linha somente, exportar um novo arquivo de pontos e então ver na tabela de atributos a quantidade de feiçoes (número de pontos). Espero ter ajudado..