Bom dia Rafael,
se for outra versão da família 3.x, sim, creio que não perca, pois estas configurações são salvas em uma pasta que não é apagada quando da atualização ou desinstalação/ instalação. Agora, se for da versão 2.X creio que perca, salvo engano, quando abrir a primeira vez ele vai perguntar se você quer importar estas configurações. Agora, nada impede que você tenha versão 2.x e 3.x na máquina ao mesmo tempo.
Estou considerando que use Sistema Operacional Windows e tenha feito a instalação standalone, em ambiente Linux ele atualiza automaticamente (o que acho sensacional).
Att