Hebert e Harlan,
Creio que você entendeu o problema. Infelizmente os dois shapes que tenho são diferentes, não posso compará-los como você sugeriu. Um é um mapa produto da AGEM, estava em formato dxf e foi transformado em shp (nem lembro como fiz isso, só que usei um CAD), o outro são pontos obtidos pelo software Minhas Trilhas do Google.
Uma dúvida: a reprojeção a qual você se refere é a feita "on the fly" ou é reprojeção via sextante?
Já fiz testes abrindo um projeto novo com o SRC predefinido como WGS 84 e importanto o shape Sirgas 2000 utm. Isso não teve efeito sobre a projeção original, ao menos não sobre o formato do valor da posição.
Para piorar, o Sextante no Qgis está instável, nem sempre funciona.