Olá Raimundo, tudo bom?
Essa temática pertence ao campo de estudo conhecido como Sistemas de Coordenadas. Uma das explicações para a falta de posicionamento das camadas é a ausência de informação espacial entre elas.
Para lidar com camadas em diferentes sistemas, é fundamental descobrir primeiro se os dados estão corretos. Uma das formas para fazer isso é seguir a seguinte metodologia:
1) Criar um novo projeto em branco do QGIS e não adicionar nenhum dado;
2) Adicionar uma camada vetorial de referência para o seu mapeamento. Geralmente usamos as malhas digitais de Estados e Municípios de responsabilidade do IBGE. Se você precisar,
clique neste link e pegue a sua base.
3) Quando você adicionar as bases de referência do IBGE, você terá a seguinte configuração:

Esta é a sua base de referência e você pode utilizá-la em todos os seus projetos de mapeamento. Esta base está espacialmente correta e o IBGE definiu o seu sistema como Sistema de Coordenadas Geográficas, Datum Horizontal SIRGAS 2000.
4) Por fim, chegou o momento de adicionar o seu dado. Repare o código no canto inferior direito da janela do QGIS. Você será notificado sobre a existência do sistema EPSG:4674.

Este código indica que todos os dados presentes no meu projeto estão em SIRGAS 2000 Geográfico. Logo, os Códigos EPSG são padronizações dos sistemas de referência usados no Brasil e no exterior.
5) Quando você adicionar um dos seus dados sobre a base do IBGE, uma janela de aviso deverá surgir. Essa janela é um indicativo de que seus dados (ou todos eles) possui informação espacial desconhecida. Eu fiz um teste aqui com uma camada vetorial que representa os limites da Amazônia Legal. Esse Shapefile foi obtido do site do Ministério do Meio Ambiente (MMA). Neste teste (que anexei a esta mensagem como um vídeo), eu tento associar o mesmo sistema geográfico da minha base de estados, municípios e fusos. Somente assim o desenho "cairá" sobre o mapa do Brasil.
Recomendo verificar o vídeo e tentar reproduzir essa dica com os seus dados.
Cordialmente,