Fábio,
Olhando o exemplo indicado, você pode fazer a rasterização e reclassificação tranquilamente de cada raster tranquilamente no QGIS.
Para rasterizar basta ir em: Raster > Conversão > Rasterizar
Para a reclassificação com base numa tabela de pesos use os módulos SAGA: Grid - Tools > Change grid values
Para calcular você pode usar o Raster Calculator do SAGA ou o próprio do QGIS. Dê uma olhada nos algorítimos Grid Calculus do SAGA, tem o Fuzzify entre outros métodos de interpolação.
Dê um olhada também em métodos preparados para classificação e tabulação cruzada. Acredito que haja algorítimos especialistas que podem lhe ajudar, como o "Fast region growing", "supervise classification", "Pattern Analisis", "Ordered Weighted Averaging".
Este último ordena com base em pesos.
Att.