Rafael,
Eu entrei no link que você mandou, a propósito muito bom esse recurso da Prefeitura de Ourinhos, no mapa tem dois pin-points com o simbolo de um ônibus e a rota em amarelo, que é uma linha.
Na lateral esquerda eu cliquei em KML e baixei o arquivo, em seguida abri no GE e o KML continha três feições: dois pontos e uma linha, na camada da linha eu dei salvar lugar como e gerei um novo KML só com a linha, em seguida abri no QGIS e abriu a linha da rota tranquilamente.
Se tentar abrir direto está abrindo só os dois pontos mesmo, como havia dito antes, ás vezes ele expande a pasta e permite selecionar a feição desejada, mas as vezes não.
Tente fazer por esse procedimento e boa sorte.