Depende de la escala de tu proyecto, si es sólo un servidor con pocos usuarios y poco crecimiento, hazlo tradicional configuranto manualmente tus cosas a la antigua:
Docker y puppet son útiles si vas a manejar varios servidores y necesitas automatizacion.
Si no los conoces, instala nomas tu aplicacion y luego puedes leer mientras tu sistema corre.
Tambien hay uso en Docker, ansible, puppet y eso si necesitas recrear ambientes exactos, en servidores de prueba, o incluso localmente para simular ambientes exactos a produccion, es muy util, pero toma tiempo aprender toda esa maquinaria y tienes que ver si es algo que vale la pena para tu proyecto.
No hay duda que esas tecnologias marcan el paso hoy en dia, pero no son indispensables para todos los proyectos pequeños de los que todavía hay muchos.
TL;DR: Instala manual, luego mira si te conviene, aprendes y lo adaptas.