Melhorar a visualização de u uma grande quantidade de pontos (NumPy, Matplotib)

[Renato de Macedo Giovanini]

Olá a todos. 

Desculpem se a questão é meio ridícula, não tenho quase nenhuma experiência em interface gráfica com o Python. 

Estou trabalhando num sistema de Datalogging de ECG (Aquisição de muitas horas de atividade elétrica do coração), uma espécie de Holter. Armazeno os dados amostrados em um arquivo .txt em um cartão SD. 

Utilizando o matplotlib, consegui plotar uma grande quantidade de dados (várias horas de monitoramento), mas todos os dados são "espremidos" na janela de tamanho padrão:

Gostaria de saber se é possível (imagino que sim, praticamente tudo é possível usando Python =]) expandir o tamanho dessa janela e também como adicionar barras horizontais que permitissem ao profissional de saúde varrer horizontalmente o sinal numa dimensão mais visível, como essa: 

Muito obrigado desde já!!  

Obs: Eis o script com o qual estou fazendo plotando o arquivo .txt:

# Tentando plotar os dados de um arquivo .txt

import matplotlib.pyplot as plt

import numpy as np

# Importando o arquivo para a variavel 'data', e fechando-o a seguir

data = open('ii.dat','r')

lines = data.readlines()

data.close()

#definindo as variaveis x e y como listas

x = []

y = []

#Correndo as linhas do arquivo, separando as duas colunas em variaveis

#diferentes e transformando strings em floats

for line in lines:

    p = line.split()

    x.append(float(p[0]))

    y.append(float(p[1]))

#Plotando as listas

plt.plot(x,y)

plt.xlabel('tempo[ms]')

plt.ylabel('Amplitude [mV]')

plt.title('ECG')

#mostrando a figura

plt.show()

[Igor dos Santos Montagner]

Renato,

até onde sei o matplotlib não faz gráficos interativos. Porém uma biblioteca chamada bokeh[1] aparentemente faz e eles parecem interessantes. Eu pessoalmente nunca usei ela, mas os exemplos do site são interessantes. Ainda por cima, ele funciona no IPython Notebook, o que ajuda bastante nas análises de dados.


[1] http://bokeh.pydata.org/

[Renato de Macedo Giovanini]

Olá Igor. 

Nunca tinha ouvido falar nessa biblioteca, vou dar uma pesquisada. Os exemplos do site são realmente interessantes. 

Muito obrigado pela informação. Abraço! 

[Antonio Neto]

Renato,

poderia checar qual o backend [1] que está usando digitando os seguintes comandos no modo interativo:

$ python
>>> import matplotlib
>>> matplotlib.get_backend()
'TkAgg'

Normalmente o matplotlib já vem configurado para um backend com uma interface com alguns controles de navegação [2].

[1] matplotlib.org/faq/usage_faq.html#what-is-a-backend
[2] matplotlib.org/1.4.0/users/navigation_toolbar.html

[Bruno Godoi Eilliar]

Olá Renato, trabalho com biopotenciais (EEG) e Python.

Pelo que entendi da sua figura o primeiro plot está utilizando todo o vetor de dados que possui (de 0 a 70 ms).

Se o que você quer mesmo é focar em uma determinada região do seu sinal, como sugere a figura 2 (de 0 a 26 ms), um comando bacana é o :

plt.axis((x1,x2,y1,y2))

Sendo:

x1 -> limite inferior no eixo x (na figura 2 seria 0 ms);

x2 -> limite superior no eixo x (na figura 2 seria 26 ms);

y1 -> limite inferior do eixo y;

y2 -> limite superior do eixo y;

Uma dica, utilizando subplot() você ainda pode fazer assim: 

- em uma figura você plota o sinal completo e apertado;

- em outra figura você divide o sinal em diversas partes e plota elas em diversas subseções da figura (um plot de 0 a 25ms, outro de 26 a 50 ms, etc.)

Espero que ajude 

;)

Best Regards

Bruno G. Eilliar

Control and Automation Engineer

[Arnaldo Russo]

Olá Renato.

Sim é possível fazer isso que você quer e inclusive implementar isso com as ferramentas do IPython. Onde há hormas de fazer esse shrink e expansion [1]

Quanto ao tamanho da janela, basta você delimitar o tamanho da figura

fig = plt.figure(figsize=(8.7, 3.54)) # medidas em polegadas, nesse caso

ax = fig.add_subplot(111)

ax.plot(x,y)

ax.grid(axis='y')

Isso fará um grid line no seu eixo Y

[1] http://notebooks-boom.tumblr.com/post/109456990359/holy-plotly-widgets-batman-these-are-some

O Matplotlib é bastante rico e versátil... você pode até fazer animações, e pausar no momento que quiser.

Boa sorte.

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[Antonio Neto]

Olá Renato,

Geralmente o Matplotlib quando usado com pyplot gera figuras já com algumas ferramentas de navegação [1]. Executando seu código aqui no meu ambiente funcionou tranquilo. Talvez seja o caso de verificar seu backend ai [2].

[1] matplotlib.org/1.4.0/users/navigation_toolbar.html
[2] matplotlib.org/faq/usage_faq.html#what-is-a-backend

[Antonio Neto]

Opa, só agora vi que foram duas respostas. Como voltei para lista esses dias provavelmente minha primeira resposta estava parada esperando aprovação mas as duas falam da mesma dica :D