Marcelo, até onde entendi, ao utilizar self.close() você realmente irá fechar a janela anterior, uma vez que você esta utilizando o self, que referencia a classe da janela que chama as suas outras janelas. Você deveria utilizar o Form.close().
Quando abro outras janelas de dialogo em minhas aplicações, eu faço assim:
@QtCore.pyqtSlot()
def on_action_about_triggered(self):
ab_dlg = AboutDialog()
ab_dlg.show()
ab_dlg.exec_()
No exemplo acima, eu criei um método para chamar a janela de dialogo "About" da minha aplicação.
Você não precisa dar close nessa janela, quando o usuário a fechar o programa irá continuar normalmente.
Eu dei uma olhada no código que você postou e não entendi essa parte:
lambda: self.Ativando(self.close())
Se você deseja conectar o bBtnAtiva com o método "Ativando" acredito que deveria ser feito assim:
self.BtnAtiva.clicked.connect(self.Ativando)