Olá Ramon, vou dar um pitaco de contribuição baseado em experiencia.
Sobre o database e qual usar, qual seria o uso de IO do banco de dados?
Ele irá persistir na Raspberry PI?
De tempos em tempos irá enviar para um servidor?
A placa/sistema irá operar 24x7?
Tem garantia de alimentação(redundância) para a placa não desligue bruscamente?
Trabalho a alguns anos com Linux Embarcado e já trabalhei em produtos que tiveram a necessidade de um banco de dados no produto, alguns persistente outros temporários e a maior preocupação, baseado no índice de frequência de IO do banco é sobre a Flash, no caso da Raspberry PI utiliza-se um SD-CARD, diferente de um Servidor Linux/Cloud onde se tem RAID's/LVM's e afins uma memoria Flash possui ciclos de vida baseado em numero de leituras/escritas sobre os blocos, coisa que em desenvolvimento não se percebe até que o equipamento em campo começa a morrer randomicamente e inexplicavelmente e ae começa a dor de cabeça.
Se tiver garantia de alimentação (usar no-breaks, baterias direto na placa e afins) e puder usar alguma tecnica de database in-memory RAM e de tempos em tempos envia para algum local ou até pode armazenar (store) em outra partição do SD-CARD, você será mais feliz com seu produto.
Então além da sua aplicação ser bem desenhada/projetada, recomendo projetar e elaborar bem esta parte de armazenar os dados, já sofri com Beaglebone Black, Advantech e outras placas com isso.
Existem diferenças que são as classes, recomendaria utilizar Class10 para melhor velocidade de IO e procurar Cartões Industriais para um range melhor para temperatura e imunidade a ruido.
Já fiz soluções onde usei collections, dicionarios, json, Banco de dados, e SQLite persistente e em memoria(
https://www.sqlite.org/inmemorydb.html) muito bom este!
Espero ter colaborado com outro lado de banco de dados em Embarcados.
Abraço.