Hola
Yo realizo habitualmente comprobantes con dos alícuotas (10,5 y 21) y no tengo rechazos.
Así que es admitido múltiples alícuotas en un mismo comprobante.
Voy a tratar de enviarte un Request modelo para que lo compares.

AS José A. Hochnadel
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Hola
Te copio parte de un Requerimiento y su respuesta. Coloque moneda en 0 para forzar el error, ya que mi sistema vuelca en archivos externos (requerimientos y respuestas) solo cuando hay error...
Allí podrás ver los datos de cabecera y los detalles de alícuotas.
<!--Optional:--><ar:FeCAEReq><!--Optional:--><ar:FeCabReq><ar:CantReg>1</ar:CantReg><ar:PtoVta>3</ar:PtoVta><ar:CbteTipo>1</ar:CbteTipo></ar:FeCabReq><!--Optional:--><ar:FeDetReq><!--Zero or more repetitions:--><ar:FECAEDetRequest><ar:Concepto>3</ar:Concepto><ar:DocTipo>80</ar:DocTipo><ar:DocNro>30601079905</ar:DocNro><ar:CbteDesde>92</ar:CbteDesde><ar:CbteHasta>92</ar:CbteHasta><!--Optional:--><ar:CbteFch>20190311</ar:CbteFch><ar:ImpTotal>12414.21</ar:ImpTotal><ar:ImpTotConc>0</ar:ImpTotConc><ar:ImpNeto>10912.45</ar:ImpNeto><ar:ImpOpEx>0</ar:ImpOpEx><ar:ImpTrib>0</ar:ImpTrib><ar:ImpIVA>1501.76</ar:ImpIVA><!--Optional:--><ar:FchServDesde>20181126</ar:FchServDesde><!--Optional:--><ar:FchServHasta>20181126</ar:FchServHasta><!--Optional:--><ar:FchVtoPago>20190410</ar:FchVtoPago><!--Optional:--><ar:MonId>0</ar:MonId><ar:MonCotiz>0</ar:MonCotiz><ar:Iva><!--Zero or more repetitions:--><ar:AlicIva><ar:Id>4</ar:Id><ar:BaseImp>7522.45</ar:BaseImp><ar:Importe>789.86</ar:Importe></ar:AlicIva><!--Zero or more repetitions:--><ar:AlicIva><ar:Id>5</ar:Id><ar:BaseImp>3390</ar:BaseImp><ar:Importe>711.9</ar:Importe></ar:AlicIva></ar:Iva><!--Optional:--></ar:FECAEDetRequest></ar:FeDetReq></ar:FeCAEReq></ar:FECAESolicitar></soapenv:Body></soapenv:Envelope>
Respuesta:
<?xml version="1.0"?>
<soap:Envelope xmlns:soap="http://schemas.xmlsoap.org/soap/envelope/" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"><soap:Header><FEHeaderInfo xmlns="http://ar.gov.afip.dif.FEV1/"><ambiente>Produccion - plo</ambiente><fecha>2019-03-11T20:55:33.5768632-03:00</fecha><id>2.12.22.0</id></FEHeaderInfo></soap:Header><soap:Body><FECAESolicitarResponse xmlns="http://ar.gov.afip.dif.FEV1/"><FECAESolicitarResult><FeCabResp><Cuit>27235019480</Cuit><PtoVta>3</PtoVta><CbteTipo>1</CbteTipo><FchProceso>20190311205533</FchProceso><CantReg>1</CantReg><Resultado>R</Resultado><Reproceso>N</Reproceso></FeCabResp><FeDetResp><FECAEDetResponse><Concepto>3</Concepto><DocTipo>80</DocTipo><DocNro>30601079905</DocNro><CbteDesde>92</CbteDesde><CbteHasta>92</CbteHasta><CbteFch>20190311</CbteFch><Resultado>R</Resultado><Observaciones><Obs><Code>10037</Code><Msg>El campo MonId es obligatorio y debe corresponder a algún valor devuelto por el método FEParamGetTiposMonedas.</Msg></Obs></Observaciones><CAE/><CAEFchVto/></FECAEDetResponse></FeDetResp></FECAESolicitarResult></FECAESolicitarResponse></soap:Body></soap:Envelope>
Espero te sirva de ayuda.

AS José A. Hochnadel
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De:
pyaf...@googlegroups.com [mailto:pyaf...@googlegroups.com] En nombre de Diego
Fara
Enviado el: lunes, 11 de marzo de 2019 06:26 p.m.
Para: PyAfipWs Factura Electrónica Libre y temas relacionados AFIP ARBA
ANMAT
Asunto: [pyafipws] distintas alicuotas en un mismo comprobante
Buenas tardes.
Me ocurre que cuando tengo comprobantes que incluyen productos que tienen distintas alícuotas de iva (p.E. 21 % y 10.5%) el webservice me devuelve el error "Error 10061: La suma de los campos BaseImp en AlicIva debe ser igual al valor ingresado en ImpNeto", no obstante yo controlo y la suma de ambas bases imponibles me coinciden con lo informado en importe neto y la suma de los importes iva me coinciden con lo informado en imp_iva. Si divido el comprobante en dos, uno con artículos que tienen el 21% y otro con artículos que tienen el 10.5% los autoriza perfectamente. Es este un comportamiento normal ? no se puede informar más de una alícuota en un sólo comprobante?
Desde ya gracias por vuestras respuestas.
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Luego, por cada alicuota de IVA (excepto para no gravado y exento), se debe llamar al método AgregarIva o completar el registro respectivo, con los siguientes parámetros: