Hola!
A mi me paso algo similar o igual con mi sistema en PHP (nada que ver con PyAfipws) pero con facturas electrónicas del exterior.
Resulta que para hacer facturas del Exterior uno de los campos obligatorios es un "ID" identificador del comprobante, es decir: ademas del ptoventa+numero, se debe enviar un numero único (un ID). Ese ID NO SE TIENE QUE REPETIR entre las facturas, NC y ND del exterior.
Resulta que en mi código PHP (por error mio en la programación, jeje) cuando solicitaba la generación de una NC, el ID que enviaba era idéntico a una Factura aprobada anteriormente, AFIP veía el ID y me terminaba retornando como CAE valido el de la Factura que había generado anteriormente.
Lo solucioné asegurándome que no se duplicaran los IDs entre facturas , NC y ND del exterior. Las NC mal generadas tampoco quedaban registradas en AFIP.